复杂疾病基因芯片数据的获取与分析大纲基因芯片数据获取基因芯片简介GeneExpressionOmnibus(GEO)ArrayExpress基因芯片数据分析预处理差异表达基因筛选聚类与分类功能注释和富集分析大纲基因芯片数据获取基因芯片简介GeneExpressionOmnibus(GEO)ArrayExpress基因芯片数据分析预处理差异表达基因筛选聚类与分类功能注释和富集分析基因芯片数据获取基因芯片简介cDNA微阵列芯片寡核苷酸芯片原位合成芯片光纤微珠芯片基因芯片数据获取基因芯片简介基因芯片数据获取GeneExpressionOmnibus(GEO)

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s(GEO)ArrayExpress基因芯片数据分析预处理差异表达基因筛选聚类与分类功能注释和富集分析基因芯片数据分析预处理对数转换数据过滤标准化基因芯片数据分析预处理对数转换目的：使数据服从正态分布基因芯片数据分析预处理数据过滤去除表达水平是负值或很小的数据或者明显的噪声数据波动筛选：去掉一成不变的基因，要求在一定的变化范围内波动标准化片内标准化：去除系统误差片间标准化：在不同列之间的标准化，使每列在同一量纲上比较基因芯片数据分析差异表达基因筛选Foldchange：差了几倍，一般是两倍T-test疾病样本中的表达值正常样本中的表达值基因芯片数据分析差异表达基因筛选基因芯片数据分析与，

越宽越严格基因芯片数据分析与，越窄越宽松SAM(SignificanceAnalysisofMicroarrays)基因芯片数据分析聚类（无监督，可用于发现疾病亚型）与分类（有监督）层次聚类（一刀切或者阈值）点与类的距离如下所示基因芯片数据分析聚类与分类k均值聚类随机的两个点基因芯片数据分析聚类与分类k近邻分类器基因芯片数据分析聚类与分类决策树分类器OutlookHumidityWindyPlaySunny75FalseNoSunny79TrueNoOvercast60FalseYesRainy55FalseYesRainy75FalseYesRainy80TrueNoOvercast8

0TrueYesSunny85FalseNoSunny50FalseYesRainy45FalseYesSunny40TrueYesOvercast50TrueYesOvercast55FalseYesRainy55TrueNo功能注释（一个基因的功能）和富集分析（一组基因的功能）GO(GeneOntology)BiologicalProcessMolecu

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